多くの体験ブログや口コミで最大の懸念点として挙げられるのが、「目の近くに針を刺す麻酔の痛み」と「手術中の恐怖感」です。日帰り眼科で行われる霰粒腫の摘出手術は、準備から終了まで約10〜15分と非常にスピーディに進みます。
実際の手術では、まず点眼麻酔で眼球の感覚を鈍らせた後、まぶたの患部周辺に極細の針で局所麻酔を注入します。体験者の多くが「チクッとした鋭い痛みと、まぶたがグッと圧迫されるような鈍重感を数秒間感じるが、歯医者の麻酔と同等かそれ以下だった」と語っています。麻酔が完全に効いてしまえば、切開や内容物の掻爬（そうは）を行っている最中に鋭利な痛みを感じることはほぼありません。
手術中は器具が視界の端にチラつくものの、ドレープ（清潔布）で覆われているため、処置の全貌が直接見えるわけではありません。「まぶたを軽く引っ張られているような感覚」を数分我慢している間に、マイボーム腺に溜まった脂の塊や肉芽組織が除去され、無事に終了します。
