全線再開までの間、くま川鉄道は鉄道と代替バスを組み合わせた特別ダイヤで運行を維持しています。旅行や日常利用で訪れる際は、接続ダイヤの確認が欠かせません。
鉄道の運行区間は肥後西村駅〜湯前駅間となっており、平日・土日祝ともに朝夕の通学・通勤需要に配慮した本数が確保されています。一方、不通となっている人吉温泉駅（JR人吉駅前）〜肥後西村駅間は代行バスが運行されており、肥後西村駅で鉄道とスムーズに乗り継ぎができるよう時刻表が編成されています。
普通運賃は利用区間に応じて設定されており、代行バスと鉄道を跨いで乗車する場合も通しの運賃で利用可能です。また、沿線めぐりに便利な「1日フリー乗車券」も販売されており、観光客の足として重宝されています。最新の時刻表や臨時運行情報は、出発前に公式サイト等で確認しておくのが確実です。
