2026年に茨城県つくば市（本校）に開校した姉妹校「S高等学校（S高）」。志望校選定においてS高等学校との学費の違いを気にする声が多く寄せられますが、結論から申し上げると、学費・カリキュラム・学習システム（ZEN Study）・取得できる高校卒業資格に一切の差はありません。
両校の相違点は、本校の所在地（N高は沖縄、S高は茨城）とスクーリングの開催拠点、および所属する学校コードのみです。居住地からのスクーリング会場へのアクセスや交通費の差を考慮して選択するのが最も合理的な判断基準となります。
また、経済的負担を軽減する施策としてN高の特待生制度や奨学金の門戸も用意されています。学術・スポーツ・クリエイティブ（eスポーツ、プログラミング、イラスト、起業など）の分野で顕著な実績を持つ生徒を対象とした特待生枠や、学園独自の奨学支援プログラムが存在します。条件を満たせば授業料や通学費用の大幅免除が受けられるため、卓越した特技や活動実績を持つ受験生は出願要項を注視する価値があります。
