強い不安発作によって搭乗自体が困難な場合、無理な我慢は症状を悪化させる恐れがあります。医療機関の専門知識を活用することは、極めて合理的で前向きな選択肢です。
精神科や心療内科では、飛行機恐怖症の克服に向けた専門的なカウンセリングや治療が行われています。診断基準において特定の恐怖症やパニック障害に該当する場合、一時的な不安を速やかに鎮める抗不安薬（ベンゾジアゼピン系薬剤など）や、自律神経の過剰な興奮を抑えるβ遮断薬などが処方されるケースがあります。これらの薬は搭乗の30分〜1時間前に服用することで、動悸や過呼吸の発現を大幅に抑制します。
また、飛行機恐怖症に対応する病院では、認知行動療法（CBT）を用いたアプローチも実施されています。VR（仮想現実）を用いたフライトシミュレーションによって段階的に機内環境へ慣れさせる曝露療法や、歪んだ破滅的思考を修正するセッションを通じて、根本的な恐怖心の緩和を目指す治療が進められています。
