ネット上の情報や口コミでは見落とされがちな、実際の利用時に注意すべき「落とし穴」についても正確に検証しておく必要があります。
第一の盲点は、テナント購入分におけるヨドバシゴールドポイントの付与・利用ルールです。「ヨドバシの館内だからユニクロやGU、レストランでもヨドバシポイントがそのまま10%還元される」と誤認しているケースが散見されますが、専門店フロア（6F〜8F）はテナントごとの独自会計システムとなっており、ヨドバシポイントの付与対象外または還元率が異なる場合があります（※一部テナントでのポイント利用可否は事前にレジカウンターで確認が必要）。
第二に、休日の駐車場入庫ルートの制約です。吉祥寺大通りは週末の午後、吉祥寺駅北口方面へ向かう一般車や路線バスで激しい自然渋滞が発生します。ヨドバシ駐車場への右折入庫は混雑緩和のため制限されることが多く、北側の五日市街道方面から回り込む左折入庫ルートをあらかじめシミュレーションしておかないと、渋滞に巻き込まれて大幅な時間をロスすることになります。
第三に、ネット取り置きの受取専用カウンターの動線です。商品のカテゴリーや受け取り時間帯によって、案内される階（1F総合案内窓口または各階専門カウンター）が異なる場合があるため、店舗到着時はスマートフォンの受取完了画面に記載された指定窓口を再確認することが無駄な往復を避けるポイントです。
