同院の運営主体は、道南地域屈指の医療基盤を有する社会医療法人函館厚生院です。長年にわたり地域医療を支えてきた強固な組織力のもと、充実した医療設備と専門医陣を擁しています。
多岐にわたる函館中央病院 診療科一覧には、内科、消化器内科、循環器内科、呼吸器内科、外科、整形外科、脳神経外科、心臓血管外科、小児科、産婦人科、皮膚科、泌尿器科、眼科、耳鼻咽喉科、放射線科、麻酔科、リハビリテーション科などが網羅されており、総合病院としての盤石な体制を誇ります。
専門診療の中でも高い実績を誇るのが函館中央病院 整形外科です。骨折などの急性外傷はもちろん、変形性関節症に対する人工関節置換術、脊椎・脊髄疾患、スポーツ整形など、専門性の高い手術治療と早期リハビリテーションをシームレスに提供しています。
また、子育て世代にとって心強い存在となっているのが函館中央病院 小児科 外来です。乳幼児の急性感染症から慢性疾患の管理、予防接種や乳幼児健診まで幅広く対応しており、地域の小児医療を支える重要な拠点として稼働しています。
夜間や休日の急変時には、函館中央病院 救急外来が24時間365日体制で二次救急を受け入れています。重症度に応じたトリアージが実施され、緊急手術や集中治療室（ICU）での緊急対応が必要な重症患者を確実に受け入れる救急医療ネットワークの中枢です。
