アクアイグニス淡路島の中核を担うのは、地下約1,000メートルから湧出する天然温泉を活用した温浴ゾーンです。内湯と露天風呂を備えた「伊弉諾（いざなぎ）の湯」と、水着を着用して男女・ファミリーで楽しめる屋外温泉プール「伊弉冉（いざなみ）の湯湯（ゆゆ）」の2系統で構成されています。
最大の特徴は、湯船の縁が海へと溶け込むように設計されたインフィニティ温泉の視覚効果です。露天風呂や温泉プールに浸かると、目線の高さが大阪湾の水面と一直線に重なり、まるで海に浮かんでいるかのような浮遊感を得られます。泉質はナトリウム-塩化物温泉（低張性・弱アルカリ性・低温泉）で、肌にまとわりつくようなしっとり感と、湯冷めしにくい保温性の高さが特徴です。
サウナ愛好家（サウナー）からの評価も高く、浴室内のサウナには定期的なオートロウリュ機能が備わっています。ガラス越しに穏やかな海を眺めながら発汗し、水風呂で引き締めた後に屋外デッキで潮風を浴びる外気浴体験は、都市部の温浴施設では味わえない圧倒的な開放感を生み出しています。
