青梅線でグリーン車を利用するにあたり、トラブルを未然に防ぐための注意点がいくつか存在します。
第1に、グリーン券は「着席を保証する座席指定券」ではないという点です。満席の場合は通路やデッキに立って乗車することになり、その場合でもグリーン料金の返金には所定の車内申告と手続きが必要になります。
第2に、青梅線内を走るすべての列車にグリーン車が付いているわけではありません。青梅線内の短距離シャトル列車や一部の運用には10両編成や4両編成が充当されており、これらにはグリーン車が連結されていません。駅の発車標やJR東日本アプリで「12両編成・グリーン車マーク」の有無を事前に確認することが失敗を防ぐ鍵となります。