アルコール製品を扱う上で、絶対に知っておかなければならない最大の盲点がメタノール毒性危険性です。
メタノール（メチルアルコール、化学式：CH₃OH）は、かつて「目散るアルコール」と恐れられた通り、体内で代謝されると強い毒性を持つ「ホルムアルデヒド」や「ギ酸」へと変化します。これが視神経を激しく損傷させて失明を引き起こし、代謝性アシドーシスによって死に至らしめます。経口摂取はもちろんのこと、蒸気の大量吸入や皮膚からの吸収（経皮吸収）でも中毒を起こす劇物です。
海外では過去に、安価なメタノールを意図的または誤って混入させた偽造手指消毒液が流通し、多数の死者や重度障害者を出す事件が度々報道されています。日本の薬局や量販店で販売されている燃料用アルコール（主にメタノールが主成分）は、手指の消毒や日用品の清掃には絶対に代用してはなりません。
また、安全とされるエタノールであっても、体質によっては注意が必要です。アルコールパッチテスト等で皮膚が赤くなるアルコール過敏症アレルギーを持つ人は、手指消毒アルコール成分に接触することで接触皮膚炎（かぶれ、激しい乾燥、かゆみ）を発症することがあります。
特にアセトアルデヒド脱水素酵素（ALDH2）の活性が弱い体質の人は、皮膚からの微量な吸収や揮発した蒸気の吸入でも皮膚の紅斑や不快感を生じる場合があります。こうした体質を持つ方は、無理に高濃度エタノールを使用せず、塩化ベンザルコニウムなどの非アルコール系殺菌成分を配合した指定医薬部外品や、流水と石けんによる入念な手洗いを徹底することが推奨されます。
