愛車の資産価値として気になるリセールバリューですが、両車ともに国内トップクラスの高水準を維持しています。歴代モデルではアルファードがリセール相場をリードしていましたが、40系ではグレード設定が絞られたヴェルファイアの希少性と専用ターボの需要が重なり、中古車オークション相場においてもほぼ拮抗、一部グレードではヴェルファイアが上回る場面も見られます。
特に「Executive Lounge」や「Z Premier（ハイブリッド／4WD）」は海外輸出需要の堅調さも手伝い、3年後残価率でも驚異的な数値をキープ。売却時の資産性を重視する場合、ボディカラーは定番の「プラチナホワイトパールマイカ」または「ブラック」、サンルーフ（左右独立ムーンルーフ）の装着が必須条件となります。
発売初期に長期化していた生産・納車状況は、増産体制と法規対応改良を経て順次改善が進んでいます。ハイブリッドモデルを中心に依然として半年から1年程度の納車待ちが発生する販売店はあるものの、ガソリンモデルを中心に計画的な納車スケジュールが組める環境へと移行しています。
