東山を語る上で欠かせないのが、全国トップクラスを走るクラブ活動の強さです。特に東山高校バレーボール部の実績は全国区で知られており、全日本バレーボール高等学校選手権大会（春高バレー）での全国制覇やインターハイでの上位進出など、輝かしい戦績を刻み続けています。日本代表エースとして世界で活躍する髙橋藍選手をはじめ、多くのVリーガー・トップアスリートを輩出してきた育成環境は圧巻です。
また、東山高校サッカー部も全国高校サッカー選手権大会への出場を重ねる京都屈指の強豪校です。規律正しい戦術眼と確かな技術指導は府内外から高く評価されており、人工芝グラウンドをはじめとする充実した練習環境が選手たちの成長を後押ししています。
特筆すべきは、トップアスリートが集うコースと進学特化コースの生徒が同じキャンパスで過ごすことによる「相互刺激効果」です。全国の頂点を目指してストイックに汗を流す部活動生の姿が、教室で難関大突破を目指してペンを握る進学コース生のモチベーションを高めるという、男子校ならではの相乗効果が現場で観察されています。
