美術史において、レオナルドの『最後の晩餐』がもたらした最大の革命は「ユダの裏切り」の配置と描写法にあります。アンドレア・デル・カスターニョやドメニコ・ギルランダイオといった先行する巨匠たちは、裏切り者ユダを観客に一目で分からせるため、使徒たちが座る長いテーブルの「反対側（手前側）」に一人だけ孤立させて座らせるのが長年の約束事（図像学的ルール）でした。
しかし、レオナルドはその慣習を真っ向から破壊しました。ユダを他の使徒たちと同じテーブルの列に紛れ込ませたのです。誰が裏切り者か分からない日常の集団の中にこそ裏切り者が潜んでいるという、極めてリアルで残酷な人間洞察がここに宿っています。
その代わりに、レオナルドは画面上に緻密な暗号を埋め込みました。ユダの右手には、イエスを銀貨30枚で売り渡した報酬が入った「小さな革の金袋」が固く握りしめられています。さらに、ユダの右ひじの先を凝視すると、小さな「塩壺が倒れ、塩がテーブルにこぼれている」ディテールが確認できます。西洋の伝統において塩をこぼす行為は「不吉」「契約の破滅」を象徴する明白なシグナルです。
もう一つの決定的な仕掛けは「光と影」の演出です。他の使徒たちが窓からの光を受けて表情を露わにしているのに対し、ユダの顔だけは後退した位置にあり、暗い影の中に沈んでいます。さらに、キリストの左手とユダの右手は、同じ一つのパン（または皿）に向かって伸びています。これは聖書の「わたしと一緒に手で鉢に食べ物を浸した者が、わたしを裏切る」という記述を、一瞬の身体的接触のサスペンスとして完璧に具現化したものです。
