後醍醐天皇が配流されるに至った直接の引き金は、元弘元年（1331年）に勃発した元弘の変です。しかし、幕府との対立はその数年前から始まっていました。朝廷内部における皇位継承の争い（大覚寺統と持明院統の分裂）に鎌倉幕府が介入し、天皇の在任期間を人為的に制限しようとしたことに対し、後醍醐天皇は強い危機感を抱いていました。
「天子親政」すなわち天皇自身による直接統治を取り戻すため、帝は1324年の「正中の変」で最初の倒幕を試みます。これは事前に計画が漏洩して未遂に終わったものの、後醍醐天皇は諦めませんでした。密かに側近の公家や有力武士、寺社勢力と接触を重ね、1331年に京都の御所を脱出して山城国の笠置山（京都府相楽郡）で本格的な挙兵に踏み切ります。
幕府は圧倒的な大軍を送り込み、笠置山はわずか1か月で陥落。幕府軍に捕らえられた後醍醐天皇は、翌1332年（正慶元年/元弘2年）3月、謀反の主犯として隠岐の島への配流を言い渡されました。中世において、天皇が廃位された上で島流しにされるのは、1221年の承久の乱における後鳥羽上皇以来、約110年ぶりの異例の厳罰でした。
