神保町店が「直系最難関」の一つに挙げられる最大の理由が、その並び方ルールと過酷な待ち時間にあります。店舗前は人通りのある狭い路地に面しているため、近隣住民や他店舗への配慮として非常に厳格な列整理が敷かれています。
列の並び方は「店舗前」と「道路向かいの待機エリア」に分かれます。店舗の入り口前に並べるのは先頭の5〜6名程度のみです。それ以降の並び客は、道路を挟んだ向かい側のガードレール沿いに詰めて並ぶ仕組みになっています。車道や他店の入り口を塞ぐ行為は固く禁じられており、割り込みや代表者待ち（合流）は即座にトラブルに発展するため絶対にやってはいけません。
神保町店における待ち時間の目安は、1ロットあたり6杯前後の総入れ替え制を基準に計算できます。
- 店舗前（先頭〜5人程度）：待ち時間 約15〜20分
- 道路向かいの先頭〜15人前後：待ち時間 約40〜60分
- 30人以上の並び：待ち時間 約90〜120分
- ピーク時（40人〜50人超）：待ち時間 約120〜150分以上
食券を購入するタイミングについても厳守すべきルールが存在します。二郎の一部店舗では「先に食券を買ってから並ぶ」方式を採用していますが、神保町店では列が進んで店舗前の先頭グループに入った段階、または助手から声がかかった時に初めて券売機へ向かいます。事前に買おうとして店内へ乱入することはマナー違反となるため注意してください。
