同館の代名詞とも言えるのが、宿泊者全員に提供されるスーパーホテル上野御徒町の無料朝食です。一般的なビジネスホテルの簡易朝食とは一線を画し、「オーガニック」と「健康」をコンセプトにしたメニュー構成が展開されています。
特にスーパーホテルの焼きたてパンの口コミでは、毎朝ホテル内で焼き上げるクロワッサンやデニッシュのサクサクとした食感と香ばしさが絶大な人気を誇ります。保存料不使用のパンに加え、有機JAS認定の野菜サラダ、日替わりの総菜、オリジナルドレッシングが並び、無料サービスとは思えない満足度を提供しています。
朝食会場は混雑時間帯（7:30〜8:30前後）に一時的な列ができる傾向があるものの、スタッフの迅速な誘導とトレー回収のスムーズさによって回転率は高く保たれています。朝の時間を有効活用したい旅行者にとって、館内で質の高いエネルギー補給ができる点は極めて大きなアドバンテージです。
