ここまで電子レンジの毒性や発がん性がデマであることを解説してきましたが、これは「電子レンジなら何をどう扱っても100%安全」という意味ではありません。オカルト的な言説を退けた先にある、科学的・物理的に実在する「本当のリスク」を正しく把握しておく必要があります。
独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE）や消費者庁が定期的に注意喚起を行っている現実の危険性は、主に以下の4点です。
1. 加熱ムラによる食中毒リスク
電子レンジは電磁波の定常波を利用するため、庫内で電磁波が強く当たる場所と弱い場所が生じます。特に生の鶏肉やひき肉、冷凍食品を解凍・加熱する際、外側は湯気が出ているのに中心部はサルモネラ菌やカンピロバクターが死滅する温度（75℃以上で1分以上）に達していないケースがあります。中心部まで火を通すためには、途中で食材をかき混ぜる、裏返す、または加熱後に余熱で数分放置して熱を均一化させる工夫が不可欠です。
2. 液体加熱時の「突沸（とっぷつ）」による重度火傷
水や牛乳、コーヒー、豆乳、みそ汁などを温める際、沸点に達しても泡立たずに静かに加熱され続ける「過加熱状態」になることがあります。この状態の液体に砂糖や粉末を入れたり、スプーンを差し込んだり、取り出して揺らしたりした瞬間、爆発するように熱湯が飛び散る現象が「突沸」です。顔や手への重度の火傷事故が毎年報告されています。加熱しすぎない設定にし、温め直した直後は1〜2分ほど扉を開けずに庫内に置いておくことが予防策になります。
3. 密閉された食材の破裂
生卵、ゆで卵、銀杏、栗、ウインナーなど、殻や膜で密閉された食材をそのまま加熱すると、内部の水蒸気圧が急激に高まり、庫内や口に入れた瞬間に破裂します。ウインナーは切り込みを入れ、卵は必ず溶きほぐしてから加熱しなければなりません。
4. プラスチック容器の耐熱限界と油分
「ラップやプラスチック容器から有害物質が溶け出す」という不安もよく耳にします。現代の国内流通規格をクリアした食品用ラップや耐熱容器（ポリプロピレン製など、耐熱温度140℃以上）は、通常の使用において安全基準が厳格に保たれています。ただし、カレーやシチュー、豚の角煮など油分を多く含む食品は、加熱時に140℃を大幅に超えて高温化します。非耐熱の容器はもちろん、一般的な耐熱容器でも油分が直接触れると溶損する危険があるため、油分の多い料理の加熱にはガラス製や陶磁器の器を使用するのが鉄則です。
