「竪穴住居」という名称こそ同じですが、弥生時代と縄文時代の家の違いを専門的に比較すると、そこには工法・設計思想の両面で明確な断絶が存在します。最大の違いは、住居の平面形状と地面の掘り込みの深さにあります。
縄文時代の竪穴住居は、中期頃までは円形や楕円形が多く、地面を50センチメートルから時に1メートル近くも深く掘り下げていました。地熱を最大限に活用して冬の厳寒をしのぐシェルターとしての性格が強かったためです。これに対し、弥生時代の家 竪穴住居は、北部九州から西日本を中心に急速に「方形（四角形）」あるいは角に丸みを持たせた「隅丸方形」へと変化しました。掘り込みの深さも10〜30センチメートル程度と極めて浅くなり、地中へ潜る住まいから、地上に立ち上がる構造物へと進化を遂げています。
形状が四角形になった背景には、柱の配置と空間利用の合理化があります。円形の空間に比べて四角形の部屋はデッドスペースが少なく、壁際にベッド状の就寝台を設けたり、機織りや道具作りの作業スペースを確保したりといった「空間の機能分化」が容易になります。四隅に主柱を立て、梁と桁を強固に組む軸組工法が普及したことで、屋根の荷重を効率よく逃がし、内部空間を広く使えるようになりました。鉄製工具の流入によって木材の加工精度が格段に向上したことも、この直線的な建築構造を力強く支えました。
