船舶免許を検討する際、初心者が最も陥りやすい誤解がボート免許との混同です。「2級小型船舶免許を持っていれば水上バイクも操縦できる」と思い込んでいるケースが散見されますが、これは明確な法令違反（無免許運転）に該当します。2003年の法改正以降、プレジャーボートなどを操縦する「1級・2級小型船舶操縦士」と、水上オートバイを対象とする「特殊小型船舶操縦士」は完全に区分されました。
航行区域にも厳密な制限が課されています。2級小型船舶免許が平水区域および海岸から5海里（約9.26km）まで航行できるのに対し、水上バイクを操縦する小型特殊船舶免許は、湖川および海岸から2海里（約3.7km）以内に限定されます。水上オートバイは構造上、波浪に対する復原性や通信設備が大型ボートと根本的に異なるためです。
操縦免許を取得する前提として、まずクリアしなければならないのが水上オートバイ操縦免許 身体検査基準です。国土交通省令で定められた基準により、両眼とも0.5以上（矯正可）、夜間航行がないため弁色力は通常の灯火識別ができること、5mの距離で話声が弁別できる聴力などが求められます。持病や四肢の運動機能に不安がある場合でも、補聴器の使用や事前相談による適合判定で受験可能なケースが多いため、不安な方は指定検査機関へ事前確認を済ませておくのが賢明です。
