室内栽培を続けていると、容器の壁面や根に緑色のドロドロとした「藻（アオコ）」が発生することがあります。藻自体が直接バジルを枯らすわけではありませんが、培養液の養分や酸素を奪い、水質悪化の引き金となります。藻が発生する唯一の理由は光合成です。
この問題は、ペットボトルや透明容器の外側をアルミホイルで隙間なく包んで完全遮光するだけで一発で解決します。光が遮断されれば藻は一切繁殖できず、培養液の清潔さが劇的に保たれます。
さらに、「室内なのに虫がわく」というトラブルに対しては、発生源の特定が重要です。水耕栽培で湧く虫の多くは、腐敗した水や有機物を好むコバエ（クロバネキノコバエ等）や、風に乗って侵入するアブラムシです。水替え時に容器を洗浄してぬめりを残さない衛生管理を行うとともに、容器の隙間に防虫ネットを被せる、見つけ次第マスキングテープ等で捕殺するといった初期防除を徹底することで、室内環境を無農薬かつクリーンに維持できます。
