日本のフリーメイソンを統括する総本山が、東京都港区芝公園に位置する日本グランドロッジ（Freemasonry Grand Lodge of Japan）です。東京タワーのすぐ隣という一等地に「メイスンビル」を構えており、建物内には儀式を執り行う壮麗なロッジルーム（礼拝堂のような空間）や事務局が設置されています。
日本国内には、日本グランドロッジの管轄下に全国各地でおよそ30前後の傘下ロッジが存在します。東京や横浜、横須賀、名古屋、京都、大阪、神戸、福岡、沖縄など、歴史的に米軍基地や開港地として外国人が多く居住した地域を中心に拠点ネットワークが形成されています。
国内の全体会員数は、現在およそ1,500人から2,000人規模と推計されています。かつては在日米軍関係者や外国人ビジネスマンが過半数を占めていましたが、世代交代が進むにつれて日本人メンバーの比率が着実に増加しており、現在では過半数近くが日本人ビジネスマン、医師、弁護士、大学教授などの一般市民で構成されています。
また、対外的な社会活動の中核を担う組織として公益財団法人「日本メイスン財団」が設立されています。同財団は児童福祉施設への支援、障害者スポーツ振興、被災地復興義援金の拠出など、毎年多額の寄付活動を行っています。密室での儀式が注目されがちですが、組織の基盤はこうした公共福祉への貢献に置かれています。
