高森湧水トンネル公園の誕生を語るうえで避けて通れないのが、昭和の時代に国家プロジェクトとして進められていた旧国鉄高森線（現・南阿蘇鉄道）と高千穂線を結ぶ九州横断鉄道構想です。熊本と宮崎・延岡を直結し、九州山地を貫く大動脈を築くため、1973年（昭和48年）に「高森トンネル」の掘削工事が着工されました。
しかし、工事が全体の約3割にあたる入口から約2,055メートル地点に達した1975年（昭和50年）2月、事態は急変します。掘削面から突如として毎分約36トンという凄まじい水圧を伴う異常出水が発生。坑道内は瞬く間に濁流で満たされ、阿蘇の豊かな地下水脈を直撃する大事故となりました。
この大出水によって周辺地域の井戸水が枯渇し、農業や住民生活に甚大な影響が出たことから、工事は即座に中断。その後も出水対策や地質調査が続けられたものの、抜本的な解決策は見出せず、1980年（昭和55年）の国鉄再建法公布も重なり、1989年（平成元年）に鉄道建設は完全に断念されました。未完のトンネルは負の遺産となりかけましたが、高森町が貴重な湧水資源を逆手に取り、1994年に観光公園として再生させたのが現在の姿です。
