私立高校進学において保護者が最も気になる学費面についても、駒込高校は明確なサポート体制を整えています。
初年度の納入金（入学金・授業料・施設維持費・教材積立金等）は東京都の私立高校平均並み（年間約90万〜100万円前後）ですが、国の就学支援金や東京都の授業料実質無償化制度の対象となります。
また、成績優秀者を対象とした特待生制度が充実しているのも特徴です。
- 入試成績特待：一般入試や推薦入試の成績最上位者に対し、入学金や授業料の全額・半額を免除。
- 内申特待：中学校での内申点が極めて優秀な生徒を対象とした事前基準型の免除制度。
公立トップ校（日比谷・戸山・西など）の併願先として理系先進コースを受験し、特待生資格を獲得して入学する実力派生徒も少なくありません。
