綾波レイのプロフィールは、公的には「14歳、EVA零号機専属操縦者、ファーストチルドレン」として特務機関NERV（ネルフ）に登録されています。しかし、その出生記録や過去の経歴はすべて白紙であり、戸籍上の実態は存在しません。彼女の正体は、「碇ユイのサルベージ残余物から作られた肉体」に「第2使徒リリスの魂」を移植した人工生命体（クローン）です。
西暦2004年、エヴァンゲリオン初号機の起動実験中に起きた「ダイレクト・サルベージ事故」により、碇シンジの実母である碇ユイの肉体は初号機のコアに完全に溶融・吸収されました。絶望した碇ゲンドウはユイを現世へ復元・サルベージしようと試みましたが、ユイ自身の意志によって魂のサルベージは失敗に終わります。その際、サルベージ装置の中に残留したユイの遺伝子構成物質（肉体の構成要素）と、ジオフロントのターミナルドグマに磔盤されていた第2使徒リリスの肉体サンプルを融合させて生み出された器こそが、最初の「綾波レイ」でした。
リリスは地球上の全生命（人類＝リリンを含む）の始祖であり、強大な生命力と「生命の実」の源流を司る存在です。ゲンドウは、魂の抜け殻となったリリスの肉体から魂そのものを抽出し、ユイの姿を模した人造人間の器へと定着させました。つまり、綾波レイの外見が碇ユイの若き日の面影を色濃く残しているのは、遺伝子情報が直接の母体となっているためであり、瞳が赤く髪が青白い色素を持つのはリリスの使徒的形質が表出しているためです。
碇ゲンドウが綾波レイを必要とした決定的な理由は、ゼーレ（SEELE）が主導する人類補完計画を自らの私欲によって乗っ取るための「不可欠な鍵」にするためでした。使徒の魂を持ちながら人間の心と形体を持つ彼女を自らの完全なコントロール下に置き、最終局面で初号機（ユイ）とアダム、そしてリリスを融合させるトリガーとして利用すること。それが、冷徹な司令官が彼女を傍らに置き続けた真の理由でした。
