皮膚科学の観点から見ると、入れ墨とタトゥーが皮膚に残り続ける仕組みは共通しています。人間の皮膚は外側から「表皮層」「真皮層」「皮下組織」の3層構造になっており、表皮は約28日周期でターンオーバー（代謝）を繰り返します。そのため、表皮にインクを入れても垢とともに剥がれ落ちてしまいます。
色素を半永久的に定着させるには、ターンオーバーが起こらない真皮層と表皮層のインク定着境界部、すなわち表皮下およそ1.5mm〜2.0mm前後の深さにインクを届ける必要があります。真皮に入った色素粒子は、異物を処理しようとする免疫細胞（マクロファージ）に取り込まれ、その場に留まり続けることで図柄として固定化されます。
技法による皮膚の針を刺す深さの違いとして、西洋式のタトゥーマシンはモーターのストロークによって一定の深さ（約1〜2mm）に均一にインクを打ち込むのに対し、熟練の職人による和彫りの手彫りは、皮膚のテンションを手で感じ取りながら針を滑り込ませます。手彫りの場合、皮膚の厚みに応じて深さをミクロン単位で微調整し、深層真皮近くまで色素を入れるケースもあるため、和彫り特有の重厚な発色や経年による独特の風合いが生まれます。
