横浜ベイクォーターへ向かう際、多くの初訪者が直面するのが「駅からのアクセスルートの複雑さ」です。ネット上では「横浜駅からすぐ」と紹介されがちですが、巨大な横浜駅の構造上、降りる改札を間違えると大幅なタイムロスにつながります。
横浜駅東口からベイクォーターへの行き方における最短ルートは、JR横浜駅の「きた東口A」から歩道橋「ベイクォーターウォーク」を利用する方法です。この専用連絡橋を使えば徒歩約3分で3階メインゲートへ直接アクセスできます。一方、中央東口から地下街「ポルタ」や「そごう横浜店」を経由するルートは、雨天時に濡れにくい利点があるものの、地下2階から2階への移動が挟まり、体感時間は倍近くかかります。
また、横浜ベイクォーターの営業時間と混雑情報を分析すると、休日の11時30分から14時00分、および18時前後はエレベーターや人気飲食店の待ち時間がピークに達します。車で来訪する場合の横浜ベイクォーターの駐車場と提携割引についても、施設地下駐車場（約730台収容）は休日の午前中から満車になることが多く、1店舗あたり3,000円以上で1時間、10,000円以上で2時間無料などの割引条件を事前に把握しておくことが肝要です。
さらに見逃せない裏技が、施設2階にあるシーバスの横浜ベイクォーター乗り場です。ここから水上バス「シーバス」に乗船すれば、みなとみらい（ハンマーヘッド・ピア赤レンガ）や山下公園方面へ渋滞知らずで優雅に海上移動が可能です。陸路の混雑を避けるスマートな移動手段として、観光・デート客から高く評価されています。
