過熱するインターネット上の考察に対し、原作者である青山剛昌氏は過去のインタビューやファンイベントなどの公の場において、明確な形で回答を出している。青山氏は「阿笠博士が黒幕ということは絶対にない」と断言しており、作者自身の口から都市伝説に対する公式な否定がなされた。
この明快な否定によって怪説に終止符が打たれたかに思えたが、考察班の探求心が尽きることはなかった。物語の中で明かされた烏丸蓮耶という存在は、組織が半世紀以上も前から巨大な財力と権力をもって暗躍していたことを物語っている。青山剛昌氏が紡ぎ出す重厚なトリックとストーリーラインは、単なる「犯人探し」にとどまらない、歴史的背景を巻き込んだ深いミステリー構造へと進化を遂げているのだ。