どれほど評価の高いホテルであっても、滞在における注意点を把握しておかなければトラブルに直結します。当館を利用するにあたり、最も注意すべきなのが「車でのアクセス時の駐車場問題」です。
東横イン南草津の駐車場が満車になるケースは、特に平日の18時以降や週末・観光繁忙期に頻発します。当館の駐車場は予約制ではなく「完全先着順」となっており、立体駐車場に入らない大型ハイルーフ車や満車時には、近隣の提携外コインパーキング（24時間最大料金800円〜1,500円程度）を自己負担で利用することになります。車で訪れる場合は、早めのチェックインを目指すか、あらかじめ周辺パーキングの候補を複数リストアップしておくことが必須です。
また、東横INN南草津のチェックイン・チェックアウト時間にも留意が必要です。一般利用者のチェックインは16:00からとなっており、一般的なシティホテルの15:00基準と比べると1時間遅い設定です。15:00からの早期チェックインを希望する場合は、東横INNクラブカードへの入会（またはアプリ登録）が前提となります。
一方で、予約の柔軟性は極めて高く評価できます。急な出張日程の変更や終電逃しが生じた際でも、東横INNの会員割引や当日予約システムを活用すれば、スマートフォンから即座に空室照会と予約が完結します。東横INNクラブカード会員であれば、当日キャンセル料の免除規定や公式Web割（5%OFF）、10泊で1泊無料シングル宿泊券プレゼントなどの恩恵をフルに享受できます。
