小型犬の平均寿命が延伸する中、チワワポメラニアンミックス寿命は概ね12歳〜15歳前後と、一般的な小型犬と同等以上の長寿が期待できるグループに属します。適切な体重管理と定期健診を徹底すれば、16歳を超える長寿犬となるケースも珍しくありません。
しかし、健康寿命を縮める遺伝的リスクとして、両親双方に共通する好発疾患への警戒が必須です。最も発症頻度が高いのが膝蓋骨脱臼（パテラ）です。膝のお皿が正常な位置から外れてしまう疾患で、フローリングでの横滑りやソファからの飛び降りが決定的な引き金となります。室内にはクッションフロアや高密度の滑り止めマットを敷き詰め、段差には犬用ステップを設置するなどの物理的防衛が必須となります。
また、興奮時や首輪の引っ張りによって喉の軟骨がつぶれ、ガチョウの鳴き声のような乾いた咳を発する「気管虚脱」も多発します。気管への負担を分散させるため、散歩時の係留具は首輪ではなく、胸部全体をホールドするY字型のクッションハーネスを選択するのが安全策です。さらに、シニア期（8歳以降）に入ると小型犬に極めて多い「僧帽弁閉鎖不全症」をはじめとする心臓病リスクが跳ね上がるため、年1〜2回の心エコー検査を含むドックの受診が推奨されます。
