2000年夏、それまで非公開とされていたコクピットボイスレコーダー（CVR）の生音声テープが外部に流出し、テレビやネット上で拡散されました。緊迫したコックピット内で「あたま下げろ」「パワー」「フラップ出さないで」と必死に機体を立て直そうとするクルーの生々しいやり取りは世間に強い衝撃を与えました。
この流出音声をめぐり、陰謀論者は一部のノイズ交じりの音声を「何かを隠している」「撃墜の証拠がカットされている」と主張しました。しかし、流出音声と事故調が作成した公式文字起こし記録を照合しても、内容の根幹に差異はなく、乗員が最後まで油圧喪失によるフライトコントロール不能と戦っていた事実が刻まれているに過ぎません。
また、墜落直後の「救助の遅れ」も疑惑の燃料とされてきました。事故当日の夜、米軍輸送機が墜落地点を早期に特定していたにもかかわらず、在日米軍による救助活動がキャンセルされ、日本の救助隊が現地に到達したのが翌朝9時頃となった経緯です。これに対して「証拠隠滅のための時間稼ぎだったのではないか」という疑念が語られます。
しかし、当時の公的記録や関係者の証言を丹念に検証すると、実態は「隠蔽」ではなく「未曾有の夜間山岳遭難に対する初動連携の混乱」でした。墜落現場となった山域は長野・群馬・埼玉の県境が入り組んだ険峻な地形で、レーダー消失地点と目撃情報の座標が錯綜しました。夜間のヘリコプター降下が困難を極める中、地上部隊も道なき山林を徒歩で捜索せざるを得ず、現場特定に致命的な時間を要してしまったのが真相です。奇跡的に生還した4名の生存者の救出劇は、翌朝の過酷な現場で自衛隊・警察・消防・地元村民が懸命に活動した結果でした。
