健康や体質改善を目的にグルテンフリー生活を実践する人が増える中、カラス麦のグルテン含有についても関心が集まっています。植物学的に、カラス麦（燕麦）そのものには小麦アレルギーやセリアック病の引き金となる「グルテン（グリアジンとグルテニンの結合体）」は含まれていません。
カラス麦に含まれる主要なたんぱく質は「アベニン」と呼ばれるもので、多くの小麦アレルギー患者に対してアレルギー反応を起こしにくいとされています。しかし、完全なグルテンフリーとして取り入れる際には「コンタミネーション（交差混入）」への警戒が不可欠です。
カラス麦の多くは、小麦や大麦と同じ農場、あるいは同一の収穫機械・製粉工場で処理されるケースが少なくありません。重度の小麦アレルギーやセリアック病を抱えている場合は、パッケージに「グルテンフリー認証マーク」が記載された、専用施設で製造・管理されている製品を選ぶのが鉄則です。
