生体リズム（概日リズム）の観点から見ると、人の深部体温のリズムは就寝中に低下し、起床の約2時間前（午前4〜5時頃）に最低値を記録するのが正常なメカニズムです。起床に向けて活動エネルギーを生み出すため、徐々に体温が上昇し始めますが、この移行プロセスで異常なほてりや高体温を感じるのには明確な理由が存在します。
まず挙げられるのが、朝の体が熱い自律神経の乱れです。就寝中は体を休める副交感神経が優位になっていますが、起床とともに交感神経へスイッチが切り替わります。過度な疲労や精神的ストレスを抱えていると、覚醒時に交感神経が過剰に興奮し、血管の収縮や急激な代謝亢進を引き起こして体温が跳ね上がるのです。この状態はストレス性高体温症の朝の症状としても広く確認されています。
さらに見過ごせないのが脱水症状による寝起きの体温上昇です。睡眠中にコップ1杯から2杯分（約200〜500ml）の水分が不感蒸泄や汗として失われます。水分が枯渇すると血液循環が悪化し、体熱を外部へ逃がす放熱機能が低下するため、朝起きた時に熱がこもった状態に陥ります。
