トモズ西新宿五丁目店を利用する際、最初に把握しておくべき決定的な違いは「店舗（物販エリア）」と「調剤薬局（保険調剤）」で営業時間が分かれている点です。
物販エリアは、駅利用者の帰宅時間や朝の通勤動線に合わせて朝から夜遅くまで営業しています。日用品、医薬品（OTC医薬品）、化粧品、食品などの購入において非常に高い利便性を誇ります。一方で、薬剤師が常駐して処方箋を調剤する薬局窓口は、近隣医療機関の診療スケジュールに準拠した稼働体制となっています。
「土日も調剤できるのか？」という疑問に対する現場の最新回答として、土曜日は調剤受付を行っているものの、平日より受付終了が早く、日曜日・祝日は調剤窓口が休業または時短対応になるケースが基本設計となっています（物販エリアは土日祝も通常営業）。週末に受診した処方箋を持ち込む場合は、調剤受付の最終締切時刻をあらかじめ確認しておくことがトラブルを防ぐ鉄則です。
