正常組織以外で、舌の奥のブツブツが痛い、あるいは舌の奥に赤いブツブツが生じる背景には、以下のような病理的・生理的要因が存在します。
第1に、溶連菌（A群β溶血性連鎖球菌）感染症です。小児だけでなく大人にも感染例が見られ、舌の表面が鮮紅色に腫れ上がり粒状の突起が目立つ「イチゴ舌」が特徴です。これに加えて高熱や咽頭炎の症状詳細（喉の激痛、リンパ節の腫れ）を伴う場合は、自然治癒を待たず抗菌薬の投与が必須となります。
第2に、機械的刺激や胃酸逆流に伴う慢性炎症です。歯並びの乱れや詰め物の不適合により葉状乳頭が常に擦れると、赤く腫れて強い接触痛を引き起こします。また、胃食道逆流症（GERD）によって逆流した胃酸が舌根部を刺激し、舌の奥の違和感や持続的なヒリヒリ感を生じさせるケースも臨床上頻繁に確認されています。
このような舌の奥の違和感の治し方としては、うがいによる口腔内の清潔保持、粘膜を保護する含嗽剤の使用、刺激物（香辛料・アルコール）の制限、および胃酸分泌抑制薬の内服といった対症・原因療法が効果的です。
