モクモクファームの真髄を味わい尽くすのであれば、日帰りではなく園内に併設されたモクモク手づくりファーム 宿泊コテージ（ヴィレッジ）へのステイが推奨されます。小高い丘の上に点在するドーム型のコテージ群は、夜になると満天の星空に包まれ、静寂な農村の夜を満喫できます。
宿泊者だけに許された最大の特権が、「朝の農業・酪農体験」です。一般開園前の澄み切った空気の中、ジャージー牛の搾乳や放牧、畑での収穫作業、焼き立てパンと搾りたて牛乳の朝食など、日帰りツアーでは絶対に体験できない農村のリアルな息吹に触れられます。
旅の疲れを癒やす天然温泉野天もくもくの湯 営業時間は、通常13:00〜21:00（最終受付20:00、曜日や季節により午前営業や変動あり）となっており、露天風呂からは伊賀の豊かな里山風景を一望できます。生薬風呂や木の香りに包まれる内湯など泉質・ロケーションともに定評があり、ドライブ帰りの立ち寄り湯としても絶大な人気を博しています。
