物語の最大の謎、それは「開けてはならない」と言われて渡された玉手箱だ。なぜ乙姫は、開ければおじいさんになってしまう危険なものを太郎に持たせたのか。
最新の仮説では、玉手箱は「時間維持装置」の受信機だったとされている。竜宮城という特殊な時間軸から元の地球に戻る際、太郎の肉体を若く保つためのナノテクノロジー、あるいは防護シールドがその箱に収められていた。しかし、箱を開けてシステムを遮断した瞬間、急激な大気圧の変化と時間の巻き戻しが起こり、太郎の細胞は一瞬にして老化してしまった。つまり、玉手箱はプレゼントではなく、彼の命を繋ぎ止めるための「生命維持装置」だったのだ。