MyJLPTシステムを利用する上で最も誤解されやすいのが、受験地による管理団体の違いだ。日本国内で受験する場合と、諸外国・地域で受験する場合では、利用するポータルサイトや申込手順が根本的に異なる。
日本国内の試験はJEESが運営するMyJLPTで一元管理されるが、海外受験の場合は国際交流基金（Japan Foundation）や現地の実施機関が独自の申込みシステムを運用しているケースが多い。海外で受験したユーザーが国内用のMyJLPTにログインしようとしても、データが連動していないため合否結果は表示されない。自分がどの窓口で申し込んだのかを必ず受験票で確認すべきだ。
