パスポート手数料の支払いは、申請方式（窓口申請かオンライン申請か）によって利用できる決済手段が大きく異なります。
【窓口申請の場合】
紙の申請書を旅券センターに提出する場合、手数料の支払いは原則として受取時に「国の収入印紙」と「都道府県の収入証紙（または窓口キャッシュレス）」を納付書に貼付して行います。多くの旅券センター近隣に印紙・証紙の販売所が併設されていますが、現金払いのみ対応の窓口も残っているため事前の確認が欠かせません（※東京都など一部自治体では証紙が廃止され、窓口でのクレカ・電子マネー決済に対応しています）。
【マイナポータルによるオンライン申請の場合】
マイナンバーカードを使ってオンライン申請を行った場合、パスポート受取時の窓口でクレジットカードによるオンライン納付が可能です。事前にマイナポータル上でカード情報を登録し、交付窓口で専用の二次元コードを提示して決済を完了させる仕組みとなっています。現金を用意する手間を省きたい方にとって非常に合理的な選択肢です。
