木軸シャーペンの最大の醍醐味は、素材となる木材の多様性です。木軸シャーペンの樹種による違いは、単なる見た目の差異にとどまらず、硬度、重量、手触り、そして経年変化のスピードにまで直結します。
数ある樹種の中で頂点に君臨するのが「花梨紅白（本花梨の瘤木）」と「黒柿（くろがき）」です。花梨紅白は、赤身と白太が絶妙に入り混じり、複雑に入り組んだ瘤杢（こぶもく）が宝石のような輝きを放ちます。黒柿は、樹齢数百年以上の柿の木に極めて稀に生じる黒い墨流し模様が特徴で、その中でも孔雀の羽のような斑紋が浮かぶ「孔雀杢」は幻の銘木として数十万円の値がつくことも珍しくありません。
これから初めて本格的な木軸ペンを手にする方には、経年変化が分かりやすく扱いやすい「欅（ケヤキ）」や「ウォールナット」、「チェリー（桜）」が木軸シャーペンのおすすめとして筆頭に挙がります。欅は使い始めの明るい黄褐色から、数年かけて飴色の深い光沢へとドラマチックに変化します。また、非常に硬質で油分を多く含む「オリーブウッド」や「ローズウッド」は、手の油分だけでも自然なツヤが乗りやすく、メンテナンスに神経質にならずに済むメリットがあります。
