ピロリ菌の検査および除菌治療に公的医療保険が適用されるかどうかは、患者側の経済的負担を大きく左右します。厚生労働省が定める保険適用のルールには明確な境界線があります。
保険適用を受けるための絶対条件は、「内視鏡検査（胃カメラ）を実施し、胃炎や胃潰瘍などの病変が確認された上でピロリ菌陽性と判定されること」です。人間ドックや郵送検査キットでピロリ菌陽性と判明した場合でも、胃カメラを受けずに薬だけを保険処方してもらうことは認められていません。
自己負担3割の場合、診察料・胃カメラ検査料・ピロリ菌迅速診断・1週間分の薬剤費を含めたトータル費用の目安は約8,000円〜15,000円前後です。二次除菌まで進んだ場合も保険適用となり、追加の薬代・再検査代として数千円程度が加算されます。
一方で、胃カメラ検査を拒否して除菌薬のみを希望する場合や、一次・二次除菌の両方に失敗して三次除菌を受ける場合は「自費診療（自由診療）」となります。三次除菌の自費診療費用は、検査費や薬剤費を含めて約20,000円〜50,000円程度が全国的な相場です。医療機関によって設定金額が大きく異なるため、事前に料金体系を確認しておく必要があります。
