交通アクセスの良さも六本木ルーテル教会の大きな特徴です。都営大江戸線・東京メトロ日比谷線「六本木駅」から徒歩数分という好立地にあり、麻布十番駅や乃木坂駅方面からも徒歩圏内でアクセスできます。
六本木交差点周辺の賑やかなエリアから一本路地に入ると、周辺は落ち着いた住宅街や緑が残る景観へと変化します。迷わず訪れるためにも、地図アプリ等で六本木駅の最寄り出口からのルートをあらかじめチェックしておくと安心です。近隣にはコインパーキングもありますが、週末は混雑しやすいため公共交通機関の利用をおすすめします。