おへその奥に蓄積するへそのごまは、植物の胡麻とは一切無関係である。その主成分は、皮膚から剥がれ落ちた古い角質（垢）、皮脂腺から分泌された皮脂、汗、そして衣服の繊維やホコリが複雑に混ざり合った有機物の塊である。
おへそは深く窪んだ形状をしており、湿度と温度が保たれやすい環境にあるため、皮膚常在菌にとって格好の繁殖環境となる。蓄積した皮脂や角質を、表皮ブドウ球菌やコリネバクテリウムなどの細菌が分解する過程で、イソ吉草酸などの低級脂肪酸や硫黄化合物が生成される。これが、へそのごま特有の「チーズのような酸っぱい臭い」や「生ゴミのような悪臭」の根本原因である。
長期間にわたりおへその手入れを怠ると、皮脂と角質が層状に何年も堆積して酸化・石灰化し、「臍石（さいせき）」と呼ばれる黒く硬い巨大な塊を形成することがある。海外および国内の皮膚科臨床報告でも、数センチ大に肥大化した臍石が皮膚を圧迫し、潰瘍や感染を引き起こした事例が確認されている。硬化した臍石は皮膚に強固に癒着しているため、自力で無理に剥がそうとすると皮膚組織が裂け、重篤な細菌感染を引き起こす引き金となる。
