参拝の証として人気を集めているのが、磐船神社特有の御朱印と授与品です。
社務所でいただける通常の御朱印には、中央に力強い墨文字で「天の磐船」と記され、舟形の巨石をかたどった朱印が鮮やかに押印されます。御朱印帳への直書き対応（神職の不在時は書置き対応）のほか、季節や祭事に応じた限定御朱印が頒布されることもあります。
また、磐船神社ならではのお守りとして知られているのが、天の磐船をモチーフにした「航空安全守」や「交通安全ステッカー」です。航空関係者や旅行愛好家、ドライバーが遠方から拝受に訪れます。岩窟めぐりを無事に満行した方には、無事修行を成し遂げた証となる授与品が用意されていることもあり、参拝の尊い記憶として大切に持ち帰られています。
