車での来館を予定している方が最も警戒すべきなのが駐車場の満車問題です。つくば国際会議場の直下に位置する地下駐車場は、収容台数が普通車73台（身障者用2台含む）と、施設規模に対して非常にコンパクトな設計になっています。
1,000人規模の全国学会や企業セミナーが開催される日は、開会時間の1時間前には満車になり、周辺道路で入庫待ちの車列が発生することも珍しくありません。この満車トラップを回避するための鉄則は、最初から地下駐車場を目指さず、徒歩数分圏内にある提携・周辺大型駐車場を利用することです。
代表的な代替候補は、会議場から徒歩約3〜5分の距離にある「一般財団法人つくば都市交通センター」が運営する公営駐車場（南2駐車場など）です。南2駐車場は約1,000台規模の収容力を誇り、満車の心配がほとんどありません。会議場利用による駐車料金割引認証（機械処理による一定時間の減額）の対象となるケースも多いため、車で来場する際は「迷わず南2または周辺公営パーキングへ直行する」ことがタイムロスを防ぐ最善手となります。
