E3の勝率を左右する影の主役が「基地航空隊」の運用です。行動半径の確認を怠ると、指定マスに届かず無駄撃ちになってしまうため、陸上戦闘機や二式大艇による半径延伸を綿密に計算しなければなりません。
ボスマスへ基地航空隊を集中配備する場合、「陸戦1+陸攻3」または「陸戦2+陸攻2」の配分で敵の制空状態を「劣勢」以上にコントロールし、陸攻の損耗を抑えつつ敵随伴艦の数を減らす運用が王道です。道中大破が目立つ場合は、1部隊を事故率の高い門番マスへ分散させる戦術も極めて有効です。
また、甲作戦の最終局面では「ガチ命中の決戦支援艦隊」の出撃が義務レベルとなります。主砲2・電探2を装備した戦艦3〜4隻+正規空母+駆逐2隻の重量級砲撃支援を組み、同航戦以上で敵駆逐や巡洋艦を一掃できる体制を整えて本隊の夜戦突入をサポートさせましょう。