本作は全4話構成となっており、第1話を除いて「探偵パート」と「法廷パート」を交互に進める王道の構成を採用しています。証拠品の突きつけや証言のゆさぶりを適切な順序で行うことがクリアへの最短ルートです。
第1話「逆転の切札」：伝説の失脚と新たな弁護士の誕生
チュートリアルを兼ねた法廷パートのみの構成ですが、初戦から手強い証言矛盾が立ちはだかります。被告席に座る成歩堂龍一を救うため、師匠である牙琉霧人（がりゅう きりひと）の助言を受けつつ法廷に立ちます。
最初の関門となるのは「トランプの裏面の色」と「現場写真の矛盾」です。証拠品「現場写真」の死者が握るカードと、証言に出てくるカードの表裏の配置に注目してください。終盤、霧人の証言の致命的な矛盾を突く場面では、法廷に提出されていない「ある未確認情報」に言及する証拠の提示がカギを握ります。
第2話「逆転の連鎖の街」：複雑に絡み合う3つの小事件
探偵パートと「みぬく」システムが本格解禁されるエピソードです。「ひき逃げ」「屋台の盗難」「パンツ盗難」という一見無関係な3つの事件が、やがて1つの殺人事件へと収束していきます。
対峙する検事は霧人の弟であり、人気ロックバンドのボーカルでもある牙琉響也（がりゅう きょうや）。探偵パートでは、成歩堂なんでも事務所の調査をはじめ、人情公園やドロボウ市場を丹念に調べ上げ、逆転裁判4 証拠品一覧の手がかり（屋台、ミラー、凶器のピストルなど）を揃える必要があります。法廷パートでは、ゴミ箱の位置関係と足跡の偽装トリックを論理的に崩していきましょう。
第3話「逆転のセレナード」：音と光が交錯するステージの密室
ガリューウエーブのライブ会場で発生した密室殺人事件を扱います。このエピソードは、音声をトラックごとに聞き分ける「ミキサーの検証」や、歌詞になぞらえた犯行手順の特定など、五感を駆使した推理が求められる難所です。
特に詰まりやすいのが、盲目のピアニスト・マキの証言と現場の物理的制約（銃の反動で肩を脱臼する矛盾）の立証です。証拠品「ボルジニアの繭」の密輸ルートと、発火装置のトリックを突きつけるタイミングを見極めてください。
第4話「逆転を継ぐ者」：7年前の真相とメイスンシステムの全貌
物語の集大成となる最終話では、過去と現在を行き来する「メイスンシステム」を通じて、7年前に成歩堂龍一が弁護士資格を剥奪された偽造証拠品事件の真相に迫ります。
過去パートで入手した情報や証拠品を、時空を超えて現代パートの人物に突きつける特殊なフラグ管理が存在します。法廷パートでは、陪審員制度（裁判員制度の導入実験）を舞台に、最後の黒幕を心理的・論理的に追い詰める劇的な展開が待ち受けています。
