柳川で運航を行う主な乗船会社（柳川観光開発、大東エンタープライズ、水郷柳川観光、城門観光など）の大人通常料金は、現在およそ1,800円〜2,000円（子供は900円〜1,000円前後）が相場です。一見するとどの会社も同じ価格帯に思えますが、提供されるサービスやWeb予約時の優待価格に細かな違いがあります。
最安値で乗船したい場合に注目すべきなのは、事前オンライン決済による割引です。多くの乗船会社が自社公式サイトや連携予約サイトで10%オフ（大人1,800円前後）の割引を適用しており、現地での当日現金支払いよりも確実に格安で乗船できます。混雑期の待ち時間を回避できる優先乗船枠が付帯するケースもあるため、事前予約は必須と言えます。
