危機管理において最も重要な機能を果たすのが内閣官房だ。菅義偉氏は歴代最長となる官房長官を務め上げ、官邸官僚を統率する圧倒的なシステムを作り上げた。官僚の適材適所という名のもとで人事を握り、官邸の意向に逆らえない構造を作り出したことは、彼の最大の強みであり、同時に最大の弱点でもあった。
これに対し、菅直人氏は市民運動出身という異色の経歴を持ち、既存の官僚機構に対する深い不信感を抱いていた。福島第一原発事故の際、官僚や東電からの報告に頼らず自ら現地へ飛んだ決断は、後に大きな賛否を呼んだ。「誰を信じるべきか」。二人の行動様式は大きく異なっていたが、どちらも内閣官房という巨大な機構とどう向き合うかという問いに追われていたのだ。