皮を剥いた直後、初めて食べる方が驚くのが「果肉の一部に付着している鮮やかな黄色い塊」です。「農薬の残留ではないか」「傷んでカビが生えているのでは」と不安視されるケースが後を絶ちませんが、これは植物生理現象によって分泌される「ガンボージ（樹脂）」と呼ばれる天然成分です。樹液が果実内部に染み出したものであり、人体に害はありません。ただし、口に含むと非常に強い苦味と渋みがあるため、ナイフの先やフォークでそっと取り除いてから食べるのが美味しく味わう秘訣です。
もう一つの疑問が、マンゴスチンの種を食べるべきか否かという点です。マンゴスチンの果肉は通常4〜8房に分かれていますが、すべてに種が入っているわけではありません。小さな房に入っている極小の種は柔らかく、そのまま果肉と一緒に噛み砕いて飲み込んでも問題ありません。しかし、大きな房の中には硬くしっかりとした扁平の種子が潜んでいます。この大きな種は渋みが極めて強く、消化も悪いため、口の中で果肉の甘みだけを味わった後に必ず吐き出すのが正しい食べ方です。
