受験生や保護者が最も関心を寄せるのが、「筑波大学へどれだけ進学できるのか」という内部進学ルートの存在です。結論から言えば、無試験で全員が筑波大学へ進学できる内部エスカレーター制度は存在しません。
筑坂には「筑波大学附属学校 特別選抜枠（連携教育枠）」が用意されており、毎年一定数（例年約15〜20名前後）の推薦枠が設けられています。しかし、この推薦枠を勝ち取るには極めて高いハードルが設定されています。
具体的には、高校3年間の高い評定平均（概ね4.3以上が目安）を維持することに加え、総合学科での課題研究の論文成果、面接、口頭試問で大学側の求める水準を満たす必要があります。推薦枠の対象となる学群（学部）も人文・文化学群、社会・国際学群、生命環境学群、理工学群など多岐にわたりますが、各学群ごとに求められる専門素養は非常にハイレベルです。
近年の進学実績を見ると、特別選抜枠や総合型選抜（旧AO入試）、学校推薦型選抜を駆使して筑波大学をはじめとする国公立大学へ進学する生徒が全体の約2〜3割を占めます。さらに、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、国際基督教大学（ICU）、MARCHクラスへの合格実績も堅調であり、総合型選抜入試における「探究実績・小論文・プレゼン力」の強さが進学実績を牽引しています。
