長瀬智也の恋愛史を振り返る上で欠かせないのが、平成の歌姫・浜崎あゆみとのオープンな交際です。2001年の交際宣言から2007年の破局発表に至るまで、約7年間にわたりふたりはお揃いのタトゥーや空港での堂々たる手つなぎツーショットなど、当時のトップアイドルとしては異例のオープン交際を貫きました。雑誌や特番インタビューでも互いへの敬意を隠さず、日本中がゴールインを確実視していましたが、最終的には「恋人関係から兄弟のような家族愛へと昇華した」として円満な別れを選択しました。
その後、2007年放送のドラマ『歌姫』での共演をきっかけに交際へ発展したのが女優の相武紗季です。約4年に及ぶ真剣交際が報じられ、週刊誌による度重なるデート報道やプロポーズの噂が芸能面を飾りました。しかし、2011年夏頃に破局を迎えています。当時の関係者証言によると、結婚に対するタイミングの不一致や多忙によるすれ違いが大きな要因であったとされています。
さらに2014年以降には、音楽番組での共演を契機に出会ったとされる一般女性バイオリニストとの熱愛が報じられ、実家への挨拶や同棲生活が伝えられたこともありました。しかし、こちらも数年で関係に終止符が打たれたと見られています。長瀬智也の恋愛は常に真摯かつ一途でありながらも、互いの独立したアイデンティティや生き方を決して犠牲にしないという一貫したスタンスが見受けられます。
